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苹果手机清除短信的方法有多种，以下是几种常见的方式。
1、单条删除：
打开短信应用，点击需要删除的短信，然后向左滑动该短信，会出现“删除”按钮，点击即可删除单条短信。
2、批量删除：
打开短信应用，在短信列表界面，长按任意一条短信，进入编辑模式，然后点击需要删除的短信，点击右下角的“删除”按钮即可批量删除短信，如果需要删除所有短信，可以直接点击左上角的“全选”按钮，然后点击删除。
3、通过设置应用删除：
打开“设置”应用，点击“信息”，在信息设置页面中找到并点击“通用”选项，点击“保留信息”，在这个页面可以选择保留信息的时长，例如保留永久或保留30天等，选择保留时间后，超过这个时间段的短信将会被自动清除。
4、使用iTunes备份恢复功能删除短信：
使用iTunes备份手机数据，然后恢复备份但不恢复应用数据，这样就可以清除所有短信而不影响手机应用和其他数据，具体操作步骤为：将手机连接到电脑并打开iTunes，点击设备图标并选择“恢复备份”，在弹出的窗口中取消勾选“应用”，然后选择需要恢复的备份文件并点击“恢复”，恢复完成后，短信就会被清除。
无论使用哪种方法，请确保在删除短信之前备份重要信息，以防意外丢失。